Theo cáo trạng, trong giai đoạn 2011 - 2014, Huỳnh Nam Dũng và Nguyễn Phước Hòa là Chủ tịch và Tổng giám đốc MHB đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn để thống nhất và ra chủ trương chuyển 4.975 tỉ đồng cho Công ty MHBS với nội dung hợp tác đầu tư trái phiếu chính phủ.
Sau khi nhận tiền, Công ty MHBS đã sử dụng 3.357 tỉ đồng đem gửi có kỳ hạn tại các chi nhánh của MHB để lấy lãi suất, hưởng lợi hơn 45 tỉ đồng.
Công ty MHBS đã sử dụng 1.558 tỉ đồng để đầu tư trái phiếu, trong đó dùng hơn 966 tỉ đồng để ký các hợp tác đầu tư môi giới, mua bán trái phiếu chính phủ của chính MHB thông qua một số công ty trung gian.
Cáo trạng cũng chỉ rõ việc môi giới, mua bán trái phiếu quay vòng như trên đã để cho các công ty trung gian và Công ty MHBS được hưởng lợi, dẫn đến thiệt hại cho MHB hơn 349 tỉ đồng.
Cơ quan tố tụng xác định, hành vi lợi dụng chức vụ quyền hạn của Huỳnh Nam Dũng cùng với 13 bị can khác, trong đó có Lữ Thị Thanh Bình, là có động cơ vụ lợi, trong đó các bị can Huỳnh Nam Dũng đã được hưởng lợi 460 triệu đồng, các bị can trong MHBS cũng được hưởng lợi hàng trăm triệu đồng.
Ngoài ra, với chức trách là Tổng giám đốc Công ty MHBS, bị can Lữ Thị Thanh Bình đã chủ trương mở 3 tài khoản tự doanh để mua bán chứng khoán trái quy định, gây thiệt hại cho nhà nước hơn 108 tỉ đồng. Tổng cộng các bị can trong vụ án đã gây thiệt hại số tiền hơn 457 tỉ đồng.
Đến giữa năm 2015, MHBS bị Chủ tịch Ủy ban Chứng khoán Nhà nước ra quyết định đình chỉ toàn bộ các hoạt động môi giới chứng khoán, tự doanh chứng khoán, tư vấn đầu tư chứng khoán và lưu ký chứng khoán do không đáp ứng các điều kiện quy định của Luật chứng khoán và các văn bản pháp luật khác trong lĩnh vực này.
Cuối tháng 1/2016, cơ quan điều tra đã khởi tố, bắt giam 9 bị can trong đó có Huỳnh Nam Dũng, Nguyễn Phước Hòa và Lữ Thị Thanh Bình.
Năm 2015, MHB đã sáp nhập vào ngân hàng đầu tư và phát triển Việt Nam nên BIDV được xác định nguyên đơn dân sự trong vụ án.